此处讲的办学方向不是政治方向（民办大学的教育也要为无产阶级政治服务，这一政治方向是很明确的），而是学术方向和业务方向。也就是说，民办大学可以选择适合自己的办学类型（研究型、教学型或者是教学研究型大学，学术型或职业型大学）与发展模式，实现高度的学术自由，制定自己的培养目标。比如，美国的一部分民办大学选择的是研究型，一部分是文理学院、专门学院；日本的很大一部分民办大学是短期大学，也有少数是研究型大学。它们对自己办学类型的选择都是独立自主的，不受外界行政官僚的约束。由于现代型的民办大学在我国起步较晚，也才二十多年的历史，政府对民办大学的导向也大多局限在职业型方面。但尽管如此，我国民办大学对自己的办学方向还是有着自己的独立自主权。它们一般都不求大而全，而求少而特，包括一些新机制的独立学院，多以单科为主（如：广州大学服装学院、华南理工大学汽车学院等），它们都力求在某一学科上形成自己的特色与优势。它们的定位大多以培养应用型（职业型）的人才为主，有相当一批的民办大学发迹于高等职业教育（包括现在很大一部分新升的民办本科院校），都力争在高等职业教育方向上能保持自己与公办大学的竞争优势。
     

    在办学理念上，民办大学对自己的使命都有不同的陈述。如美国耶鲁大学的使命是：教育学生大有作为，并通过最丰富的思想训练与社会体验发展他们的智慧、道德、公民责任和创造力，以便用人类的丰富遗产陶冶学生，使之服务并领先于人类活动的每一个领域。加州理工学院的使命是：培养创造型的科学家或工程师，以应教育、管理和工业发展之需。我国民办大学也都有其与众不同的使命。   

    民办大学在确定了自己的办学方向以后，会自主地制定出自己的发展战略。围绕自己的发展战略，民办大学会多方筹集资金，加大投入，极力改善办学条件，不会指望向谁等、靠、要；它们会紧跟市场，设置一些地方经济发展需求量大的办学专业，务实地谋求学校的发展，而不受政府过多的干涉；在原始积累阶段它们会在短时期内使学校的办学规模达到一定的水平，积极拓宽办学市场，寻求规模效益。
     

    公办大学的办学方向则往往取决于它们的主管部门和学校在任的主要领导，一般它们都会一味地追求“大而全”和“综合化”，越大越好，越综合越好，造成学校办学与社会需求的脱位。有时候还会出现主管部门和学校在任领导想法的错位。如：广州大学在办学之初定位的是一所职业大学，但其各任校长都致力于将其办成一所综合性大学。不仅如此，公办大学的专业设置、办学规模都受主管部门的制约，设置什么专业要经过严格的审批，办学规模的扩大受制于主管部门拨款的多少。